空港等の周辺、高度150以上の飛行に関しては、各空港事務所に申請してください。それ以外の飛行許可・承認申請先は、国土交通省航空局安全部運航安全課(以下、本省運航安全課という)になります。なお、最寄りの空港事務所等に申請書類を持参すれば、申請先となる本省運輸安全課又は空港事務所にこれらの申請書類を経由して申請することが可能とのことです。
(無人航空機「ドローン・ラジコン等」の飛行に関するQ&A 国土交通省航空局ホームページより)

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ドローンの飛行許可・承認申請先